Рельеф территории заказника равнинный. Долины рек бассейна Конды слабо выделяются среди однообразной заболоченной местности. Вдоль русел рек тянутся возвышенные участки – увалы. Постепенно удаляясь от реки, увалы превращаются в материки и часто играют роль водоразделов. Для южной части территории характерны обширные болотистые пониженные пространства.

Водоемы заказника представляют реку Конда с густой сетью ее притоков, а также старицы и озера. В пределах заказника находится верхнее течение реки Конды длиной около 400 километров. Самыми крупными притоками Конды на территории заказника являются реки  Эсс, Ейтья, Ух, Нюрих. Реки имеют спокойное течение, широкие заболоченные долины. Во многих местах река Конда и ее притоки перегорожены «завалами». Завалы обычно образуются в местах значительных изгибов речного русла и представляют нагромождение древесных стволов, перегораживающих русло реки. В низкой и широкой пойме Конды во время половодья вешние воды затопляют прибрежные леса.